История Notes. разворачивается в далёком будущем на Земле, которая была разрушена в ходе непрерывных войн и загрязнения. Всё живое на планете погибло, не считая людей, которые использовали передовые технологии для искусственной поддержки жизни. Так появились «модифицированные» люди, способные жить на руинах Земли, и А-Реи — существа, с помощью генной инжене…