Фантом Мирия и её товарищи одержали победу над Организацией, но эта победа привела к неожиданным последствиям. Спустя 2 года истинная судьба Мирии начинается, когда она изо всех сил пытается найти новую цель жизни в значительно расширенной вселенной Клеймор.